El recuento de los fondos es una de las actuaciones que la BNE realiza anualmente con el fin de mantener una adecuada gestión de sus colecciones. Esta actuación se ha realizado de forma sistemática desde el año 2008 y desde entonces se han recontado más de siete millones de documentos. Hasta 2016 se hicieron recuentos muy amplios con el fin de tener una visión lo más general posible del estado de la colección. Desde 2017 se optó por realizar recuentos de menor alcance pero orientados a colecciones o fondos para los que esta tarea fuera más relevante. Además, desde entonces en la BNE se ha logrado un mayor nivel de automatización de las colecciones, lo cual facilita su control. Igualmente, otros procesos propios de la BNE como la catalogación, la digitalización, el traslado entre depósitos o el préstamo en sala y para exposiciones implican la comprobación de la correcta ubicación de los fondos en los depósitos.