Dentro del fondo manuscrito pueden destacarse algunos cancioneros polifónicos españoles de los siglos XVI-XVII (como el denominado Cancionero de Onteniente) y una excepcional colección de «tonos humanos» o canciones españolas con acompañamiento del primer barroco, con obras de Juan Hidalgo, José Marín, Juan del Vado, etc. En cuanto a la música instrumental manuscrita, destaca la famosa recopilación de obras para órgano de Martín y Coll, de principios del siglo XVIII.

Respecto a la colección de impresos musicales españoles anteriores al siglo XX es sin duda la más importante del mundo: conservamos ejemplares originales de los libros de música encargados por el Cardenal Jiménez de Cisneros al impresor Arnaldo Guillén de Brocar, de los primeros años del siglo XVI, así como de casi todas las ediciones de nuestra música instrumental del Renacimiento y Barroco (Antonio de Cabezón, Venegas de Henestrosa y Correa de Araujo, los libros de vihuela de Luis de Milán, Narváez, Fuenllana, Mudarra, Valderrábano, Pisador, Daza…); la polifonía española del Renacimiento está representada por fuentes originales de Morales, Guerrero, Infantas o Victoria y respecto a los estudiosos de la guitarra barroca se custodian ejemplares de las obras de  Gaspar Sanz , Ruiz de Ribayaz, Santiago de Murcia, etc. Del siglo XVIII conservamos algunos autógrafos del compositor italiano Luigi Boccherini. Además, podemos consultar en la Biblioteca casi todas las ediciones de música instrumental producidas en nuestro país o compuestas por autores españoles en aquella época (José de Torres, Manalt, Herrando, Canales, Minguet, Espinosa, Teixidor, Reynoso, Ferrandiere, Manuel García, etc.), numerosos manuscritos, cerca de un millar de ediciones extranjeras de música de cámara y orquestal de la segunda mitad de siglo, con amplia representación de los autores más conocidos a nivel internacional (Haydn, Pleyel, Stamitz, Boccherini, etc.) y cuya música circuló ampliamente por España. La colección a partir del siglo XIX creció exponencialmente, junto a notables colecciones de ópera italiana manuscrita del primer tercio del XIX (Rossini, Bellini, Mercadante, etc.), en la segunda mitad del siglo XIX ,y ya en siglo XX, se adquirieron  miles de obras ingresadas a través del Registro de Propiedad Intelectual,  y desde 1958 gracias a las leyes de depósito Legal con todo tipo de composiciones y géneros hasta la actualidad.