És molt nombrós el fons històric i genealògic de la BNE, especialment referent a les edats Mitjana i Moderna. Donada la presència internacional dels regnes hispànics en aquests moments es tracta d'una col·lecció molt important no només per a la història peninsular, sinó també per a la història europea d'aquests moments.

Com a exemple, la Crònica de Juan Fernández d'Heredia, un important testimoniatge de l'expansió de la Corona d'Aragó pel Mediterrani en la baixa Edat Mitjana.

També és molt important el fons genealògic: armoriales, nobiliaris, arbres genealògics, i, sobretot, una gran col·lecció de cartes executòries d'hidalguía, documents amb els quals se certificava la condició de gentilhome del seu posseïdor i que per això van rebre sovint una rica decoració il·luminada, amb temes religiosos o retrats del monarca reinante. Bona part d'elles procedeix de la biblioteca de Juan Alfonso Guerra, rei d'armes de Felipe V.