La col·lecció de mapes manuscrits de la Biblioteca Nacional és de gran interès. Molts d'ells, els més importants, es troben en el Servei de Manuscrits, inclosos en diferents obres; també es conserven cartes portolanes, mapes i plànols en fulls independents. El fons més nombrós es troba en el Servei de Cartografia i està format pels mapes procedents de la Primera Secretaria d'Estat. També formen part d'aquesta col·lecció els magnífics mapes procedents de la Biblioteca Reial, així com el llegat López Garat.

Majoritàriament són mapes del segle XVIII aixecats per enginyers militars. La seva varietat temàtica és molt gran, ja que el Ministeri d'Estat s'ocupava d'assumptes molt variats, com ara relacions exteriors, sanitat, obres públiques, correus, camins i canals, companyies marítimes, etc.