El 18 de octubre de 1884 otro arquitecto es nombrado director de las obras. Se trata de Antonio Ruiz de Salces, quien deberá presentar el proyecto de continuación de lo ya realizado sin demoler parte alguna. Ese nuevo proyecto tendrá que alojar ahora en su interior la Biblioteca Nacional, el Museo Arqueológico, Museos de Pintura y Escultura del siglo XIX y, como novedad, la real Academia de Bellas Artes de San Fernando, con secretaría y biblioteca, pero sin las Escuelas Especiales de Pintura, Escultura y Grabado y sin el taller de vaciados. El 1º de mayo de 1885 Antonio Ruiz de Salces firma los planos y el 23 de junio siguiente remite todos los documentos del proyecto al Ministerio de Fomento.

En su propuesta, Salces mantiene destinada a Museos Nacionales la crujía perimetral del cuadro cimentado y elevado hasta la primera cornisa por Jareño. Mantiene también los dos accesos principales de Recoletos y Serrano y los perímetros de patios definidos por las cimentaciones heredadas.

Sin embargo, el alto espacio central coronado por una cúpula octogonal se pierde en beneficio de una sala de lectura de planta cuadrada y doble altura, situada al nivel de la entreplanta, tal como había requerido Cayetano Rosell años antes.