El 17 de agosto de 1809 una real orden disponía el urgente traslado de los enseres de la Real Biblioteca al convento de la Trinidad, situado en la calle Atocha, al que más tarde se llevaron también los fondos de la biblioteca de El Escorial, del monasterio de Montserrat y de los conventos suprimidos de Madrid.

La premura y el desorden de los traslados, junto a la ocupación del convento por las tropas francesas, hicieron que muchos de los libros se consumieran en la elaboración de cartuchos y también que se rompieran los índices que usaban los empleados de la Real Biblioteca para atender al público.

Tras el regreso de Fernando VII a Madrid, el 20 de mayo de 1814 dispuso que los trinitarios volvieran al convento de la calle Atocha, algo incompatible con la acumulación de bibliotecas en él alojadas, por lo que el 30 de abril de 1816 se aprobó un reglamento para organizar la coexistencia de trinitarios y libros. Fue la presión ante el rey de los religiosos y del bibliotecario mayor la que consiguió un nuevo traslado de los fondos de la Real Biblioteca a una nueva sede.