Durante el siglo XIX se produjeron varios procesos de desamortización de bienes eclesiásticos, primero por José Bonaparte, más adelante, en 1836, por Mendizábal, el más conocido. Se vendieron en pública subasta los bienes inmuebles de los monasterios, pero sus libros pasaron a instituciones públicas, entre ellas la BNE, que incrementó notablemente sus fondos, en especial de conventos madrileños.

Más adelante, en virtud de la Desamortización cultural en 1869, durante el sexenio democrático después de ser destronada Isabel II, el Estado pretendió incautarse de los “archivos, bibliotecas, gabinetes y demás colecciones de objetos de ciencia, arte o literatura que están a cargo de catedrales, monasterios y órdenes militares”. Su aplicación fue desigual y a la BNE llegaron ricas colecciones, entre las que destacan las procedentes de la catedral de Toledo.